13 yaşındayken çalıştığı gümüş atölyesinde bir kolunu kaybettikten sonra tıp fakültesini bitirip Türkiye'nin en önemli dermatoloji uzmanlarından biri olan Prof. Dr. Kotoğyan, 13 Şubat Salı günü kanser nedeniyle hayatını kaybetmişti.
Bir kolu olmadığı için halk arasında "Kolsuz Agop" olarak bilinen Prof. Dr. Agop Kotoğyan için Kumkapı'da bulunan Meryem Ana Ermeni Kilisesi'nde cenaze töreni düzenlendi.

Törene Agop Kotoğyan'ın ailesi, yakınları ve meslektaşlarının yanı sıra CHP Genel Sekreteri Mehmet Akif Hamzaçebi ve Eski Şişli Belediyesi Başkanı Mustafa Sarıgül ve Ermeni Patrik Genel Vekili Başpiskopos Aram Ateşyan de katıldı. Prof. Dr. Agop Kotoğyan, Kumkapı'daki Meryem Ana Kilisesi'ndeki cenaze töreninin ardından Zeytinburnu'ndaki Balıklı Ermeni Mezarlığı'na defnedildi.